Zbadają warianty koronawirusa w regionie
Przedsięwzięcie zostało wsparte funduszami unijnymi w ramach Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Śląskiego. Naukowcy z Laboratorium Genetycznego Gyncentrum przebadają 1500 próbek pochodzących od pacjentów z COVID-19, z których wyizolują i poddadzą pełnemu sekwencjonowaniu genom wirusa SARS-CoV-2.
Laboratorium otrzyma z funduszy unijnych 2,5 mln zł zakup sprzętu oraz adaptację pomieszczeń, w tym budowę obiektów kubaturowych. Po podpisaniu aneksu do umowy o dofinansowanie wartość całkowita projektu wyniesie ponad 5,2 mln zł. Badania laboratoryjne wykażą też występowanie w próbkach innych patogenów, w tym wirusów grypy. To pierwsze tak dokładne i wieloparametrowe badanie populacji zamieszkującej konkretny rejon Polski.
Środki na badania pochodzą m.in. z Regionalnego Programu Operacyjnego Województwa Śląskiego. Projekt obejmujący sekwencjonowanie wariantów wirusa SARS-CoV-2 w populacji regionu śląskiego jest częścią programu „Przeciwdziałanie rozprzestrzeniania się COVID-19 poprzez doposażenie laboratorium Gyncentrum Sp. z o.o. w specjalistyczny sprzęt do automatycznej izolacji kwasów nukleinowych”. Wartość dofinansowania, jakie Gyncentrum otrzymało na ten cel przekroczy 4,5 mln zł. Realizacja projektu ma zakończyć się pod koniec sierpnia br. Laboratorium zakupi dodatkowe urządzenia i odczynniki do badań pozwalających na ocenę różnorodności występowania wariantów COVID-19. Będzie to urządzenie do przeprowadzania automatycznej elektroforezy kapilarnej, wysokoprzepustowy sekwenator nowej generacji NGS, zestaw odczynników do izolacji wirusowego RNA z badanych próbek, stosowanych w systemach zamkniętych i odczynniki do wykonywania oznaczeń na aparacie Fragment Analyser oraz termocykler. Doposażenie usprawni i przyspieszy obecnie prowadzone w laboratorium procesy diagnostyczne - zwiększy przepustowość oraz wykrywalność COVID-19. Zdolność realizacji testów wzrośnie z 5-6 tysięcy testów na dobę nawet do 12 tysięcy!
Policzą warianty genetyczne wirusa
Mimo że wirus SARS-CoV-2 mutuje wolniej niż inne wirusy np. grypy to, jak pokazują ostatnie wydarzenia z Wielkiej Brytanii, pojawianie się nowych odmian koronawirusa jest nieuniknione. Prawdopodobieństwo wykrycia różnych wariantów wirusa jest szczególnie wysokie w tak różnorodnej i dużej grupie, jaką reprezentują mieszkańcy Śląska. Uzyskane w toku badania dane umożliwią identyfikację ewentualnych nowo powstałych genotypów wirusa SARS-CoV-2 w populacji województwa śląskiego oraz ustalenie przebiegu COVID-19 na badanym terenie. Z próbek wymazowych, pochodzących od pacjentów z rozpoznanym COVID-19, eksperci Gyncentrum wyizolują, a następnie szczegółowo przeanalizują genom wirusa SARS-CoV-2. Pozwoli to określić liczbę wariantów genetycznych wirusa oraz ocenić stopień jego zmienności w badanej populacji. W projekcie zbadamy dokładną sekwencję, czyli budowę - cegiełka po cegiełce, nukleotyd po nukleotydzie, materiału genetycznego wirusa SARS-CoV-2. Poznanie tych sekwencji, być może różnych, bo izolowanych od pacjentów z różnych obszarów regionu z dodatnim wynikiem, pozwoli porównać sekwencję wyizolowanego od nich wirusa, z sekwencją referencyjną, czyli wyjściową.
Określenie wariantów genetycznych SARS-CoV-2 dla populacji Śląska umożliwi również w dalszych etapach ocenę skuteczności dostępnych na rynku szczepionek przeciwko SARS-CoV-2 dla danej odmiany wirusa.
Śląski algorytm leczenia
Ostatnim etapem projektu będzie poszukiwanie zależności pomiędzy występowaniem określonego genotypu wirusa SARS-CoV-2 i/lub współwystępowaniem koinfekcji wirusowych, stopniem aktywacji układu odpornościowego oraz przebiegiem klinicznym zakażenia. Laboratorium Genetyczne Gyncentrum to jedno z najnowocześniejszych laboratoriów w Europie, posiada akredytację Ministerstwa Zdrowia w zakresie diagnostyki molekularnej SARS-CoV-2, RSV oraz wirusa grypy, a także certyfikat QCMD 2020 SARS-CoV-2 EQA Programme oraz QCMD 2020 Respiratory I Plus EQA Programme. Placówka działa zgodnie z wytycznymi NIZP-PZH, WHO, ECDC. Jako jedyne laboratorium w regionie spełnia standardy bezpieczeństwa biologicznego BSL-3. Zespół tworzą wykwalifikowani diagności laboratoryjni i biotechnolodzy z ogromnym doświadczeniem w badaniach molekularnych. Laboratorium wyposażone jest w nowoczesną, wysokoprzepustową aparaturę pozwalającą na sprawne i bezpieczne przeprowadzenie izolacji RNA wirusa. Obecnie w ciągu doby może wykonać nawet do 10 tysięcy badań.
fot. Patryk Pyrlik / UMWS
